Saldutiškio dvaro rūmai 2005 m. žiemą (nuotrauka D.Žvirblienės) Remiantis seniausių apylinkės gyventojų pasakojimais, pirmoji mokykla buvusi daraktorinė, prie pat Saldutiškio, Antalamėstės kaime, Antano Klimašausko namuose. Tiksli mokyklos įkūrimo data nėra žinoma, tačiau  manoma, kad ji pradėjo veikti Rusijos - Japonijos karo metu (1904 m.).  Mokykla veikusi viename senoviškos trobos gale. Vaikus mokiusi A. Grybauskaitė iš Inturkės kaimo. Mokytoją samdę ir ją išlaikę mokinių tėvai. Mokykla veikusi apie dvejus metus, kol kaimynas, gyvenęs kitoje kelio pusėje, mokyklos ir mokytojos neįskundė Linkmenų valsčiaus uriadnykui. Mokytojai apie įskundimą kažkas pranešęs, todėl buvo laiku išnešti suolai, paslėpti vadovėliai, mokiniai paleisti į namus. Namo savininkas uriadnykui davęs kyšį - avižų maišą, kad pareigūnas netikėtų gandais. Tačiau mokyklos išgelbėti nepavyko: buvo teismas, o po teismo mokytoja į Antalamėstę nebegrįžo. Vėliau pradinė mokykla veikusi gretimame Trinkūnų kaime, Saldutiškio dvaro klebonijos namelyje.

Remiantis klasių žurnalais, nustatyta, kad Utenos apskrities Saldutiškio pradžios mokykla pradėjo veikti 1921 m. A. Jeloveckij dvaro rūmuose. Nuo 1936 m. Mokykla Saldutiškyje - šešiametė. 1944 m. Saldutiškio mokykla reorganizuota į progimnaziją, o 1949 m. mokykla perorganizuota į vidurinę. Pirmuoju vidurinės mokyklosSaldutiškio pagrindinė mokykla 2005 m. žiemą (nuotrauka D.Žvirblienės) direktoriumi buvo paskirtas P. Šepetys. Mokykla veikė dvaro pastatuose, kol 1975 m. buvo pastatyta dabartini mokyklos pastatas. Direktoriai: 1949–1951 m. – Petras Šepetys, 1951–1954 m. – Julius Gaidelis, 1954–1956 – Vladimiras Melnikovas, 1956–1959 m. Pranas Kuliešius, 1959–1962 m. Vaclovas Juknys, 1962–1965 m. – Vanda Laurinavičienė, 1965–1971 m. – Vytautas Mieželis, 1971–1974 m. – Juozas Miškinis, 1974–1982 m. – Vytautas Zabarauskas, 1983–1986 m. – Alvydas Gražys, 1986–1992 m. - Kazimiera Grašienė, 1992-2007 m. – Gintautas Dičius, 2008-2009m. - Edita Ramelienė, nuo 2009 m. - Valentas Paukštė.

2001-ųjų m. gegužę mokykla išleido paskutinę dvyliktokų laidą. Nuo 2001 - ųjų rugsėjo 1 - osios vidurinė mokykla reorganizuota į pagrindinę.